El directorio /usr es el directorio principal de almacenamiento de las aplicaciones. Todos los archivos binarios en este directorio no deben ser necesarios para el arranque o mantenimiento del sistema, ya que por lo general, la jerarquía /usr es un sistema de archivos separado. Debido a que su tamaño es generalmente importante, usr tiene su propia jerarquía de sub-directorios. Mencionaremos sólo algunas:
/usr/X11R6: toda la jerarquía de X Window System. Todos los binarios necesarios para la operación de X (incluyendo los servidores X) y todas las bibliotecas necesarias se deben ubicar aquí. El directorio /usr/X11R6/lib/X11 contiene todos los aspectos de la configuración de X que no varían de una máquina a otra. La configuración específica de cada máquina está en /etc/X11.
/usr/bin: este directorio contiene la gran mayoría de los programas binarios del sistema. Todo programa binario que no es necesario para el mantenimiento del sistema y no es un programa de administración del sistema se debe ubicar en este directorio, excepto los programas que instale Ud. mismo, que deben estar en /usr/local.
/usr/lib: este directorio contiene todas las bibliotecas necesarias para emplear los programas ubicados en /usr/bin y /usr/sbin. También hay un vínculo simbólico /usr/lib/X11 que apunta al directorio que contiene las bibliotecas de X Window System, /usr/X11R6/lib (si X Window System está instalado, por supuesto).
/usr/local: en este directorio Ud. debería instalar sus aplicaciones personales. El programa de instalación habrá creado la jerarquía necesaria: lib/, man/, etc.
/usr/share: este directorio contiene todos los datos necesarios para las aplicaciones de /usr, y todos los datos independientes de la plataforma. Entre otras cosas, Ud. encontrará la información de la zona y la localización (zoneinfo y locale).
También están los directorios /usr/share/doc y /usr/share/man que contienen, respectivamente, la documentación de las aplicaciones y las páginas man del sistema.