Попробуйте установить MS Visual C++ 2008 Redistributable Package. Если установка библиотеки не помогла, напишите об этом автору на странице программы или на почту jenyay.ilin@gmail.com с полным текстом ошибки.
Хранение заметок в виде дерева - основная особенность, ради которой и задумывалась программа OutWiker. Это не значит, что когда-нибудь я не сделаю настройку для выбора способа хранения заметок, но в ближайшее время этим вряд ли займусь.
Есть мысли сделать отдельный тип страниц в формате RichTextFormat с визуальным редактором. Не исключаю, что появится визуальный редактор для HTML-страниц. Но о каких-либо сроках говорить пока не могу.
Для установки плагинов необходимо распаковать скачанный архив в папку plugins рядом с запускаемым файлом (это нужно, если вы используете OutWiker под Windows в портабельном режиме) или в папку .outwiker\plugins в директории пользователя (под Windows XP - C:\Documents and Settings\USERNAME\.outwiker\plugins, под Linux - ~/.outwiker/plugins). Обратите внимание, что каждый плагин - это папка с файлами, именно эту папку и нужно копировать в plugins. В окне настроек Правка - Параметры... - Расширения вы можете отключать плагины без удаления их из папки plugins.