Le répertoire racine contient toute la hiérarchie du système. Il est inclassable puisque ses sous-répertoires peuvent être statiques ou dynamiques, partagés ou non. Voici une liste des principaux répertoires et sous-répertoires :
/bin : binaires essentiels au système. Ce répertoire renferme les commandes de base susceptibles d'être partagées par tous les utilisateurs et nécessaires pour utiliser le système : ls, cp, login, etc. Statique, non partagé.
/boot : contient les fichiers nécessaires au gestionnaire de démarrage de GNU/Linux (GRUB ou LILO). Cela peut ou non comprendre le noyau : s'il n'est pas ici, il doit être situé dans la racine. Statique, non partagé.
/dev : fichiers périphériques du système (dev pour DEVices, périphériques). Certains fichiers contenus par /dev sont obligatoires comme /dev/null, /dev/zero, et /dev/tty. Statique, non partagé.
/etc : contient tous les fichiers de configuration spécifiques à la machine. Ce répertoire ne peut contenir aucun fichier exécutable. Statique, non partagé.
/home : contient tous les répertoires personnels des utilisateurs du système. Ce répertoire peut ou non être partagé (certains grands réseaux le rendent partagé par NFS). Les fichiers de configuration de votre application favorite (client de courrier électronique ou navigateur, par exemple) sont dans ce répertoire et commencent par un point (« . »). Par exemple, les fichiers de configuration de Mozilla résident dans le répertoire .mozilla. Dynamique, partagé.
/lib : ce répertoire contient les bibliothèques essentielles au système. Il stocke également les modules du noyau dans le répertoire /lib/modules/VERSION_NOYAU. Toutes les bibliothèques nécessaires aux binaires présents dans les répertoires du système /bin et /sbin doivent s'y trouver. L'éditeur optionnel de liens (execution time linker/loader) ld* et la bibliothèque C libc.so liée dynamiquement doivent également se trouver dans ce répertoire. Statique, non partagé.
/mnt : répertoire contenant les points de montage pour les systèmes de fichiers temporaires tels que /mnt/cdrom, /mnt/floppy, etc. Le répertoire /mnt est également utilisé pour monter des répertoires temporaires (une clé USB sera par exemple montée sur /mnt/removable). Dynamique, non partagé ;
/opt : ce répertoire contient des paquetages non nécessaires au fonctionnement du système. Il est recommandé que les fichiers statiques (binaires, bibliothèques, pages de manuel, etc.) de tels paquetages aient leur place dans le répertoire /opt/nom_du_paquetage et que les fichiers de configuration spécifiques à la machine soient placés dans le répertoire /etc/opt.
/root : répertoire personnel de root. Dynamique, non partagé.
/sbin : contient les binaires système essentiels au démarrage du système. La plupart d'entre eux ne peuvent être exploités que par root. Un utilisateur normal pourrait également les exécuter, mais vraisemblablement rien ne se produirait. Statique, non partagé.
/tmp : répertoire destiné à contenir les fichiers temporaires que peuvent créer certains programmes. Dynamique, non partagé.
/usr : ce répertoire est décrit en détail dans la section intitulée « /usr : le gros morceau ». Statique, partagé.
/var : emplacement pour les données souvent modifiées par des programmes (par exemple, le serveur de courrier électronique, les programmes d'audit, le serveur d'impression, etc.). Tout /var est dynamique, mais ses différents sous-répertoires peuvent être partagés ou non.