Le répertoire /usr est le principal répertoire de stockage des applications. Tous les binaires dans ce répertoire ne doivent pas être nécessaires au démarrage ou à l'entretien du système, puisque la plupart du temps, la hiérarchie /usr est sur un système de fichiers séparé. Étant donné sa taille (généralement) importante, /usr possède sa propre hiérarchie de sous-répertoires. Nous n'en citerons que quelques-uns :
/usr/X11R6 : toute la hiérarchie de X Window System. Tous les binaires nécessaires au fonctionnement de X (cela comprend bien sûr les serveurs X) et toutes les bibliothèques nécessaires doivent s'y trouver. Le répertoire portant le nom /usr/X11R6/lib/X11 contient les aspects de la configuration de X qui ne varient pas d'une machine à l'autre. Nous avons déjà vu que la configuration spécifique pour chaque machine est dans /etc/X11 ;
/usr/bin : ce répertoire contient la grande majorité des programmes binaires du système. Tout programme binaire qui n'est pas nécessaire à l'entretien du système et n'est pas un programme d'administration du système doit se trouver dans ce répertoire, à l'exception des programmes que vous compilez et installez vous-même, qui doivent se trouver dans /usr/local.
/usr/lib : ce répertoire contient toutes les bibliothèques nécessaires à l'exécution des programmes situés dans le répertoire /usr/bin et /usr/sbin. Il existe également un lien symbolique, /usr/lib/X11, qui pointe vers /usr/X11R6/lib, le répertoire renfermant les bibliothèques de X Window System (si X est installé, bien sûr[19]).
/usr/local : c'est dans ce répertoire que vous devrez installer les applications que vous aurez compilées vous-même. Le programme d'installation devrait y créer toute la hiérarchie nécessaire.
/usr/share : ce répertoire contient toutes les données en lecture seule et indépendantes de la plateforme, nécessaires aux applications dans /usr. Vous y trouverez notamment les informations de zone et de localisation (zoneinfo et locale).
Il existe également des répertoires /usr/share/doc et /usr/share/man, qui contiennent respectivement la documentation des applications et les pages de manuel du système.
[19] Notez que Mandrakelinux utilise désormais Xorg au lieu de X Window System comme système X Window par défaut.