Die Verzeichnisbaumwurzel enthält die gesamte System-Hierarchie. Sie kann nicht klassifiziert werden, da ihre Unterverzeichnisse sowohl statisch und einzeln genutzt als auch das Gegenteil sein können. Es folgt eine Liste der üblichen Verzeichnisse und Unterverzeichnisse mit ihrer jeweiligen Klassifizierung:
/bin: wichtige Binärdateien. Dieses Verzeichnis enthält die grundlegenden Befehle, die von allen Anwendern des Systems benutzt werden und für den Betrieb des Systems nötig sind: ls, cp, login, usw. Statisch, Einzelnutzung.
/boot: enthält die für den GNU/Linux Betriebssystemstarter (GRUB oder LILO für Intel-Systeme, yaboot für PPC, usw.) notwendigen Dateien. Es kann den Kern enthalten, muss aber nicht. Wenn der Kern nicht hier liegt, muss er in der Verzeichnisbaumwurzel liegen. Statisch, Einzelnutzung.
/dev: System-Geräte-Dateien (dev für engl. DEVices). Einige Dateien in /dev sind vorgeschrieben, etwa: /dev/null, /dev/zero und /dev/tty. Statisch, Einzelnutzung.
/etc: alle Konfigurationsdateien für diesen Rechner. Dieses Verzeichnis darf keine Binärdateien enthalten. Statisch, Einzelnutzung.
/home: enthält alle persönlichen Verzeichnisse der auf dem System eingerichteten Benutzerkonten. Dieses Verzeichnis kann zur gemeinsamen Nutzung freigegeben werden, muss aber nicht. In manchen großen Netzwerken wird es via NFS freigegeben. In diesem Verzeichnis sind auch die Konfigurationsdateien Ihrer meist genutzten Anwendungen (wie etwa Browser, Mail, etc.) untergebracht. Diese Dateien beginnen alle mit einem Punkt („.“). So liegen die Konfigurationsdateien des Mozilla etwa im Unterverzeichnis .mozilla. Variabel, gemeinsame Nutzung möglich.
/lib: dieses Verzeichnis enthält die für das System wichtigen Bibliotheken und die Kernmodule, die im Unterverzeichnis /lib/modules/KERN_VERSION/ untergebracht sind. Alle Bibliotheken für die Programme in den Verzeichnissen /bin und /sbin müssen hier gespeichert werden, gemeinsam mit dem optionalen Laufzeit-Linker ld* und der dynamisch gelinkten C-Bibliothek libc.so. Statisch, Einzelnutzung.
/mnt: das Verzeichnis, in dem die Einhängepunkte für temporär eingehängte Dateisysteme wie etwa /mnt/cdrom, /mnt/floppy, usw. untergebracht sind. Im Verzeichnis /mnt werden auch temporäre Verzeichnisse (/mnt/removable für eine USB-Karte) eingehängt. Variabel, Einzelnutzung.
/opt: hier werden Programme installiert, die nicht wesentlich für den Betrieb des Systems sind. Es wird empfohlen, die statischen Dateien (Programmdateien, Bibliotheken, Dokumente, etc.) im Unterverzeichnis /opt/paket_name und die speziellen Konfigurationsdateien der Programme im Unterverzeichnis /etc/opt zu installieren.
/root: persönliches Verzeichnis des Superusers root. Variabel, Einzelnutzung.
/sbin: enthält für den Systemstart essentielle Programmdateien. Die meisten dieser Programme können nur von root ausgeführt werden. Manche der Programme können von normalen Anwendern ausgeführt werden, bieten dann aber nicht alle möglichen Optionen. Statisch, Einzelnutzung.
/tmp: das Verzeichnis für temporäre Dateien, die von manchen Programmen während des Betriebs erstellt werden. Variabel, Einzelnutzung.
/usr: nähere Angaben im Kapitel „/usr: Das Große Verzeichnis“. Statisch, gemeinsame Nutzung möglich.
/var: enthält Dateien, die von verschiedenen Programmen (etwa: E-Mail-Server, Auditprogramme, Printserver, usw.) während der Laufzeit verändert werden. Variabel. Die einzelnen Unterverzeichnisse können sowohl zur Einzelnutzung als auch zur gemeinsamen Nutzung bestimmt werden.